புராதன வரலாற்றுச் சிறப்புக்களைக் கொண்டு விளங்கும் ஆலயம் பொன்னாலை வரதராஜப் பெருமாள் ஆலயமாகும்.
தட்சண கைலாய புராணம் இவ்வாலய பூர்வீக அற்புத வரலாற்றுச் சிறப்புக்களைக் கூறுகின்றது. தட்சண கைலாய புராணத்துப் பொன்னாலயப் பெருமை உரைத்த படலத்தில் இந்த ஆலயத்தோற்றச் சிறப்புக்கள் கூறப்படுகின்றது.
தேவேந்திரன் சாபம் நீங்கிய சிறப்புமிகு பொன்னாலை வரதராஜப் பெருமாள் ஆலயம் முன்னொரு சமயத்தில் துருவாச முனிவரினால் தேவேந்திரன் சாபம் பெற்று நீசத்தன்மையை அடைந்தான்.
அப்பொழுது இந்திரன், ‘‘ஓபகவானே அத்திரி முனிவரின் குலத்தில் பிறந்தாய், நான் செய்த பிழையைப் பொறுத்தருள்க. எனது சாபம் நீங்க ஒரு உபாயம் கூறியருள்க. நல்ல விரதமுடையோய்’’ என்று துருவாச முனிவரை வேண்டினான்.
இந்திரனால் பிரார்த்திக்கப்பட்ட, முனிவருள் மேலானவராகிய துருவாச முனிவர் இந்திரனைப் பார்த்து, ‘‘ஓ இந்திரனே உன் சாப விமோசன காரியத்தில் துக்கம் அடைய வேண்டாம். சேது மத்தியிலிருக்கும் இலங்கையிலே பொன்னாலயம் என்னும் பட்டணத்திலே வலைஞர் குலத்திலே நீ பிறப்பாய் ஜனார்த்தனராகிய வாசு தேவர் ஒரு காலத்தில் கூர்மவதாரம் எடுப்பார்.
அந்தக் கூர்மம் உன் வலையினாலே கட்டப்படும். இது மெய். அந்த ஆமையின் அங்கம் தீண்டப்பட்டவுடன் நீசாபத்தினின்றும் விடுபடுவாய்’’ என்று கூறிவிட்டு துருவாச முனிவர் தம் இருப்பிடத்தை அடைந்தார்.
(ஒரு சமயம் இந்திரனின் தாயின் மோதிரம் ஒன்று யாராலும் எடுக்க இயலாத வகையில் ஒரு பாதாளக் கிணற்றுக் குள்ளே விழ நாராயணர் ஆமையாகச் சென்று அதனை எடுத்துக் கொடுத்தார் என்றும் அந்தக் கூர்மமே இந்திரனுக்குச் சாப விமோசனம் அளித்தது என்றும் வடமொழி தட்சண கைலாயபுராணத்தில் விளக்கப்பட்டுள்ளது).
வலைஞனாகப் பிறந்த இந்திரன் ஒருநாள் இப்போது ஆலயம் அமைந்துள்ள இடத்திற்கு அருகில் உள்ள கடலில் வலை வீசினான். வலையில் ஒரு ஆமை அகப்பட்டது. அதனை அவனால் தனித்துக்கரை சேர்க்க முடியவில்லை. தன் இனத்தவரின் துணையை நாடி அவர்களை அழைத்து வந்தான். வந்தவர்கள் அனைவரும் அங்கே ஒரு அதிசயத்தைக் கண்டனர்.
அந்தச் சமயத்தில் ஆகாய மார்க்கத்தில் பொன்னொளி வீசும் விமானம் ஒன்றுகாணப்பட்டது. அதனைக் கண்டு அதிசயம் நிறைந்தவர்களாக ஆமையின் பக்கத்தை விரைவாகச் சென்றடைந்தார்கள். அந்தச் சமயத்தில் அந்த ஆமை கல்லாயிருத்தலைக் கண்டார்கள்.
இது என்ன அதிசயம் என்று வியந்தார்கள். பின்பு அவர்கள் அனைவரதும் மனதில் இவ்வாலய இலக்குமி பதியாகிய நாராயணரே அந்தக் கூர்மம் என்றும் காணப்பட்ட விமானம் அவருடையதே என்றும் ஒரு துணிவு உண்டானது.
அந்தத்துணிவை முன்னிட்டு நாராயணரின் பிரதிட்டைக்கு இந்த இடத்திலே நல்ல நாளிலே நல்ல முகூர்த்தத்திலே உத்தம பிராமணரைக் கொண்டு வைகாசன தந்திர விதிப்படி பிரதிட்டை செய்தார்கள். அவர்கள் அப்படி முயற்சித்து விஷ்ணுவை பிரதிட்டை செய்து வரதராஜப்பெருமாள் என்று நாம் காரணம் செய்து வழிபட்டார்கள்.
இத்தகு பெருமைகள் கொண்ட ஆலயத்தில் இன்று திருவருள் மிகு ஸ்ரீ வரதராஜப்பெருமாள் தேரேறி வருகின்றார். ஆயிரமாயிரம் அன்பர்கள் பொன்னாலையில் கூடி அரங்கனது திருவருளுக்குப் பாத்திரமாகி வருகின்றனர்.