திராவிட இனமாகிய தமிழர்களின் முன்னோர்களாக நாகர் இனத்தவர்கள் போற்றப்படுகின்றனர்.
நாகர்களின் முக்கிய வழிபாடாக காணப்பட்டது நாகவழிபாடு.
ஈழத்தமிழர்களிடையேயும், தமிழகத் தமிழர்களிடையேயும், ஆதியிலிருந்தே நாகவழிபாடு காணப்பட்டதென்பதற்கு அதன் எச்சங்களாகக் காணப்படும் வழிபாட்டு முறைகளும், ஊர்ப்பெயர்களும் சான்றாகக் காணப்படுகின்றன.
ஆதியில் நாகர்களின் முக்கிய வழிபாட்டுத்தலமாகக் காணப்பட்டு பின்னர், நாகபூசணி அம்மன் திருக்கோயிலாக மாற்றம் பெற்ற தலமே, நயினாதீவு ஸ்ரீ நாகபூஷணி அம்மன் ஆலயமாகும்.
இக்கோவிலின் கருவறையிலுள்ள சீறும் ஐந்தலை நாகச்சிலை, எண்ணாயிரம் ஆண்டுகள் வரை பழமையானதென ஆய்வாளர்கள் கூறியுள்ளனர்.
ஈழத்திலே காணப்படும் பெரும்பாலான கோயில்கள் ஐதீகம் மற்றும் புராணக் கதைகளோடு மட்டும் தொடர்பு கொண்டவையாகக் காணப்படும்போது, நயினை ஸ்ரீ நாகபூசணி அம்மன் ஆலயம், பல்வேறு தொடர்புகளைக் கொண்டதாகக் காணப்படுகின்றது.
வரலாற்றுக்குறிப்புகள், சாசன ஆதாரங்கள், தமிழ் இலக்கியத் தொடர்புகள், கர்ணபரம்பரைச் செய்திகள், புராணவரலாறுகள் எனப் பல்வேறுபட்ட தொடர்புகளையுடையதாக விளங்கும் சிறப்புப் பெற்றது இவ்வாலயம்.
இவ்வாலயம் அமைந்துள்ள தீவும் மிகத் தொன்மையான வரலாற்றைக் கொண்டது.
இக்கோவில் பதினெட்டு மகா சக்தி பீடங்களில் தேவியின் இடுப்புப் பகுதி வி்ழுந்த பீடமாகவும், தந்திர சூடாமணி கூறும் 51 சக்தி பீடங்களில் தேவியின் சிலம்புகள் விழுந்த பீடமாகவும் கருதப்படுகிறது.
அதுமட்டும் அல்லாமல் அங்கு வீற்றிருக்கின்ற நாகபூசணி அம்மன் சகல தோஷங்களை நீக்கும் சக்திதேவியாக பெரிதும் நம்பப்படுகிறாள்.
பக்தர்களும், சுற்றுலாப் பயணிகளும் அதிகம் செல்லும் இடமாகவும் நயினாதீவு அமைந்துள்ளது.
அத்துடன் திருமணம் ஆகாதவர்கள், தள்ளிப்போகிறவர்கள், கடன் பிரச்சனை உடையவர்கள் என அனைவரின் பிரச்சனையை தீர்க்கும் தலமாகவும் விளங்குகிறது.
தமிழர் மட்டுமன்றி தென்னிலங்கை சிங்களவர்களும் இக்கோயிலுக்கு வந்து செல்வது சிறப்பாகும்.