கருணாநிதிக்கு கடவுள் நம்பிக்கை கிடையாது. திராவிட கொள்கைகளில் ஈடுபாடு கொண்ட இவர் ஒரு நாத்திகவாதி என தமிழக மக்களால் அறியப்பட்டார்.
இதன் காரணத்தினாலேயே இவரது வீட்டில் பூஜை அறை போன்று கட்டப்பட்டுள்ள மாடத்தில் சாமி படங்கள் கிடையாது. மாறாக, அவரது தாய் அஞ்சுகம், தந்தை முத்துவேலர், முதல் மனைவி பத்மாவதியின் படங்களை வைத்திருந்தார்.முக்கியமான நாட்களின் போதும், அவரது மனம் காயம்படும்போதும், அந்த படத்தின் அருகில் சென்று சிறிது நேரம் மவுனமாக நிற்பாராம். இவருக்கு யோகா கற்றுக் கொடுத்தவர் டி.கே.வி.தேசிகாச்சார். யோகா செய்யும்போது, நாராயண நமஹ என்பதற்குப் பதிலாக, `ஞாயிறு போற்றுதும்’ என்று கருணாநிதி கூறுவாராம். ஆனால், இரண்டும் ஒன்று தான் என்று தேசிகாச்சாரி கூறியுள்ளார்.